鉴真一行到达黄泗浦后，藤原清河把他们分别安排在第二、第三、第四条船上。第一条船是藤原大使和在唐玄宗身边任职多年并作为唐朝回访使的朝衡等人所乘坐的船。从后来的情况看，没有安排在第一条船反而是鉴真一行的幸运。因为第一条船后来漂到了越南，全船一百八十人，遇难者一百六十人！

　　谁知到了10月23日，遣唐使的大使藤原清河听说广陵郡要派人搜查四条日本轮船，所以，心里总是忐忑不安。他认为违反唐朝法律，私自带鉴真东渡，万一被官方查出来，是会引起外交麻烦的。即使目前顺利开出长江，可万一船漂到唐国的海岸，鉴真东渡的事就会泄露，这将会造成极大的被动。于是，他又让鉴真一行全部下船，先在岸上等待，再作计议。

　　藤原的担心是有道理的，可他的这一决定却遭到大家的一致反对。副使大伴古麻吕认为，无论如何也要把鉴真一行请到日本，何况目前广陵郡的官方不见得就知晓此事，所以也不见得会来搜查。藤原清河作为大使，只好默许。于是，11月10日夜，由副使大伴古麻吕出面，偷偷召集鉴真等人上船。

　　眼看就要开船，可最早邀请并五次跟随鉴真东渡的日僧普照却仍不见踪影，鉴真心里十分着急。11月13日，普照总算从阿育王寺赶来。师徒相见，感慨万千，特别是普照发现鉴真已双目失明，更是悲伤落泪。好在他们都没有忘记当初的誓愿，如今又要再一次扬帆东渡了。

　　11月5日半夜，日本第十次遣唐使的四条轮船同时从黄泗浦解缆启航。可航行不远，忽见一野鸡从第一只船头飞过。大使以为这是不祥之兆，于是又等了一天。16日，四船再次启航，浩浩荡荡，驶出长江，进入茫茫东海之中。

　　11月21日，四条船相继到达阿儿奈波岛(今日本冲绳岛)。12月6日遇到顺风，四船启锭前进，可惜第一船触到暗礁不能前行。次日第二、第三船到达益救岛(今日本屋久岛)。12月18日开离益救岛，忽然，风雨大作，不知四方，两船被风吹散，经过一天一夜的漂流，鉴真乘坐的第二船于20日下午首先抵达九州南部的秋妻屋浦(今鹿儿岛秋目浦)。26日，抵达太宰府(今九州北部福冈东南)。

　　鉴真第六次东渡终于成功了。

　　从743年第一次东渡至今，整整经过了11年的岁月，其间飘流东海、南海，足迹遍及江苏、安徽、浙江、广东、广西、海南、江西等省，前后参加东渡的人数百人，不幸旅途身亡的36人，中途放弃东渡的280余人。自始至终跟随鉴真并一起到达日本的只有中国僧人思托和日本僧人普照两人。

　　天宝十三年(754年)二月初一，鉴真一行到达难波(今日本大阪)受到先期到达日本的中国僧崇道等人的欢迎。初三，到达河内国府(今大阪府地)，受到内阁次官藤原仲麻吕所派代表的欢迎，先期来日的道睿也派弟子善谈以及日本高僧志忠、贤景、灵福、晓贵等也前来拜谒迎接。

　　初四，鉴真一行抵达首都奈良，天皇派安宿王作代表，以敕使名义在奈良城正门罗城门外等候欢迎。在安宿王的导引下，鉴真一行进入东大寺，大批僧众前来慰劳。初五，鉴真在东大寺接受了当时日本佛教界领袖唐道睿律师、任僧正之职的婆罗门僧菩提和东大寺住持良辩的拜谒慰劳。宰相、右大臣、内阁、次官以下官员百余人也来礼拜、问候。

　　不久，日本朝廷派吉备真备以敕使身份来东大寺宣读天皇诏书：

　　“大德和上，远涉沧波，来投此国，诚副朕意，喜慰无喻。朕造此东大寺，经十余年，欲立戒坛，传受戒律。自有此心，日夜不忘。今诸大德，远来传戒，冥契朕心。自今以后，授戒传律，一任和上。”

　　又过了几天，天皇下诏，敕授鉴真“传灯大法师”的名号。

　　鉴真东渡，带来了中国佛教完整的传戒授律制度，这对日本旧有的不规范的授戒制度必然会产生巨大的冲击。于是，以贤景、志忠为首的部分日本僧人与鉴真等人发生了矛盾和辩论，双方于4月初结束辩论，贤景等人认输，志愿放弃旧戒，重受鉴真所传之新戒。鉴真的名声更大了。

　　紧接着，鉴真在东大寺卢舍那佛像前设立戒坛，四月初五，由鉴真主持、举行了日本佛教界有史以来最为盛大的授戒仪式。圣武天皇以鉴真为师证，登坛受菩萨之戒。接着，皇后、皇太子也依次登坛受菩萨之戒。随后鉴真又为沙弥澄修等四百四十余人授戒。最后又为内道场僧五十五人重新授大小乘戒。

　　五月初一，圣武天皇下诏于东大寺佛殿的西面建立戒坛院。后又在戒坛院北边建造了一所专门训练和教育僧侣的唐禅院，鉴真等人迁居这里，主持弘法事业。

　　天平胜宝八年(公元756)5月24日，日本朝廷任命鉴真为大僧都。随鉴真东渡的弟子法进被同时任命为律师。鉴真成为日本佛教界最高领袖之一。6月，朝廷宣布鉴真永远享用圣武天皇灵堂前供奉的米、盐等物。12月，天皇派遣太子以下的朝廷大臣，带领62名宣讲师分别到东大寺、大安寺、药师寺、山阶寺等大寺院，宣讲《梵网经》，律学在日本各寺之中大兴。

　　接着，天皇又下诏，由鉴真大师对过去日本流行的佛经进行一次全面校正。因为当时日本印刷业还很不发达，佛经主要靠手抄，辗转传抄，出现了许多错误，长期不能纠正。鉴真虽然双目失明，但他记忆力极强，能熟练背诵大量的佛经，准确性极高。这次佛经大校正，对日本佛教文化产生了很大影响。

　　由于朝廷的推崇，各地僧侣纷纷慕名来唐禅院学律求戒。为了供养各地来的僧侣，在鉴真的呼吁下，天平宝字元年(757)11月23日，天皇把备前国(今日本冈山县)的水田一百町(一町相当于中国14.88亩)赐给唐院。接着，鉴真又在天皇于755年11月所赐的新田部亲王旧宅上，修建一所新的佛寺。759年8月落成，天皇赐额“唐招提寺”。该寺占地四町，有金堂、讲堂、东塔、开山堂、观音堂、经楼、钟楼、弥陀堂、僧房等建筑，其中金堂至今犹存，是唐代建筑艺术的宝贵遗产，被视为日本的国宝。

　　唐招提寺建立不久，朝廷又以越前国(今福井县)水田六十町和备前国旱地十三町拨给鉴真等人，作为他们传教的费用。后来天皇又将平城宫中的东朝集殿，赐给唐招提寺。至此，唐招提寺规模更加宏伟。