佛教传入日本的明确时期虽不可考，但据诸佛教史籍所载：梁武帝普通三年（５２２）由中国江南渡日以制鞍为业的汉人司马达等在日本大和坂田原设立草堂崇奉佛教，达等的女儿司马岛并首先出家为尼，称为善信尼；达等的儿子也出家为僧，称为德齐；是为日本僧尼的开始（见《扶桑略记》卷三、《元亨释书》卷十七）。那时佛教已由中国传入朝鲜，公元５５２年，朝鲜南部的百济国圣明王遣使将佛象和汉译经典奉送于日本国（《日本书记》卷十九）。当时大臣苏马氏舍宅为寺，另又建寺造像，而司马达等的孙子鞍部鸟即为其时佛像制作艺术的第一名匠。从此各种和佛教有关的建筑雕画等工艺文物，也陆续由中国直接或间接通过朝鲜传入日本，逐渐开展日本佛教的新机运。
　　
　　嗣至公元５９３—６２８年日本推古朝，摄政的圣德太子大力倡弘佛教，使佛教在日本得到巨大的开展。其时圣德太子曾师事高丽僧慧慈，崇尚汉文化，并曾用汉文撰《胜鬘》、《维摩》、《法华》三经注疏，广建寺塔。又曾于隋大业三年（６０７）派遣国使小野妹子等来和中国通好，翌年（６０８）又开始派高向玄理等留学生四人和僧旻、清安、惠隐、广齐等学问僧四人入隋，学习中国学术和佛教（《日本书记》卷二十二），这是日本历史上向海外派遣留学生的嚆矢。以上八人又都是原来在日本的汉人子孙或新移入的汉人。随后又有学僧灵云、惠云等来隋求学佛法。以上人等在中国留学的时期都很长，一般多是由隋末到唐初，学习二三十年之后才回国，从此日本派遣僧俗学人来中国留学，络绎不绝，因而中国佛教文物制度工艺等更广泛传播于日本，而汉文在日本也普遍流行。
　　
　　当时日本佛教虽已兴起，而宗派未分，随着来隋唐留学的僧人次第返日，以及中国僧人赴日弘化，遂渐次形成了各个宗派。首先是隋嘉祥寺吉藏的弟子高丽僧慧灌，于公元６２５年去到日本，在飞鸟元兴寺弘讲三论，开始建立三论宗。随后是慧灌的大弟子福亮，他原是中国江南人，在日从慧灌出家，后又入唐，谒嘉祥吉藏，重研三论。返日住元兴寺宏化，盛演空宗。福亮在俗的儿子也出家，名智藏，后来入唐游学，归住法隆寺，弘传三论。智藏门下英才甚众，其中道慈以大足元年（７０１）入唐，从吉藏的再传弟子元康研习三论。他在唐十八年，广学多闻，其间曾预选入宫，讲《仁王般若经》，于开元六年（７１８）返国，阐扬三论，兼传真言律学。并模仿长安西明寺，在日本奈良建造大安寺，为日本古代最宏壮的寺宇。道慈的弟子善议也渡海入唐，遍寻名德，深求义蕴，归国住大安寺，盛传一宗的教旨。日本史家通称：“三论一宗从唐土传入有三代传：一慧灌僧正传，二智藏僧正传，三道慈律师传”（《三国佛教传通缘起》）。三论宗入唐的学者中即以以上三师为正传。
　　
　　其次在法相宗方面，有日本沙门道昭，于永徽四年（６５３）与沙门道严等人随国使入唐，诣慈恩寺，受教于玄奘门下，蒙奘师亲切提掖，并授以观门，兼及《俱舍》，后携新译经论归还本国，住元兴寺，盛弘慈恩的学说，是为日本法相宗初传。又显庆三年（６５８），日本沙门智通、智达也渡海入唐，谒玄奘、窥基师弟，即从受学，又随入玉华宫寺，业成返国，弘传所学，为日本法相宗第二传。嗣至长安三年（７０３），新罗沙门智凤、智鸾、智雄相偕入唐，受学于濮阳智周门下，后返日本大弘宗义，为第三传。以上均在飞鸟的元兴本寺传习，又称元兴寺传，或南寺传。至开元四年（７１６），智凤的再传弟子玄昉也渡海入唐，仍就濮阳智周学习慈恩宗义，在唐蒙赐紫衣，于开元二十三年（７３５）赍同所得佛像及经论章疏五千余卷返国，在奈良兴福寺大弘所学，为第四传，又称为兴福寺传，或北寺传。
　　
　　在华严宗方面，有唐东都大福先寺道璿，因日本学僧荣睿、普照至唐邀请，于开元二十四年（７３６）赍同《华严》章疏渡日，弘阐此宗，兼传戒律，教人不倦，化导甚广，为日本华严宗第一传。同时有唐贤首法藏的弟子新罗国审祥，住日本大安寺，于７４０年应请在金钟道场开讲《华严经》。为日本华严宗初祖。从那时以来：《华严经》的讲习渐次弘盛。
　　
　　在律宗方面，七世纪后期有日本沙门道光入唐学律而归，但戒学未弘。嗣至开元二十一年（７３３）日本沙门荣睿、普照等相偕入唐，求学戒律，奉敕在东都大福先寺依定宾律师受学。这时唐地诸寺的三藏大德特重戒律，荣睿等以本国传戒无人，欲为本国寻求律匠，时荣睿、普照更闻扬州大明寺鉴真为当代律学名德，弘导甚盛；遂于天宝元年（７４２）至扬州恳请鉴真东渡弘化，当蒙允许，即于天宝二年（７４３）和他的徒众赍同经论法物等启舟东行，前后五回，并为风浪等逆缘所阻，历经十年的艰苦行程，终于第六回、即天宝十二年（７５３）抵达日本，受到日本国朝野僧俗的盛大欢迎。翌年，在奈良东大寺兴筑戒坛，日皇、皇后、公卿等四百余人皆从受菩萨戒；又日僧灵裕、贤戒、志忠等八十余人皆舍旧戒从受新戒。为日本登坛授戒的开始。公元７５９年又于奈良兴建唐招提寺，并设戒坛，前后受度的达四万人以上。由于鉴真的盛化，遂开日本戒律一宗，而鉴真即为日本律宗初祖。此外，《成实论》也于隋代由高丽慧灌传入日本，在日讲习，渐至形成了宗派。《俱舍论》也由道昭、智通、智达入唐玄奘门下受学，并传至日本盛行讲述，也形成一宗。但以上两宗并未开创寺院，独立弘传，只是成实宗附在三论宗内、俱舍宗附于法相宗内传通讲习而已。
　　
　　以上是日本奈良时代由隋唐传入的六个宗派。
　　
　　由于唐地佛教的盛行东传，日本养老四年（７２０）十二月，曾敕令佛教转经唱礼须依汉沙门道荣和日本入唐返国的学问僧胜晓等的音调转唱，并停止余音，免污法门（《续日本纪》卷三）。又当时日僧多学汉语，唐道璿、鉴真等渡日，都以汉语从事讲授。道璿并曾令他自己的能懂汉语的弟子忍基、善俊、忠惠、真法等人，从鉴真的门人思托学法砺等《疏记》于大安寺唐院，随后这些日本学人也都能在各寺转相讲授（《唐大和上东征传》）。又因唐开元十六年（７２８）颁行《大衍历》的影响，日本也于天平宝字七年（７６３）八月废去原用的仪凤历，而采用唐一行所作的《大衍历》，实行日本历法的改革（《续日本纪》卷二十四）。此外如佛教仪礼、经像、文物、建筑式样、工艺等也大量由唐输入日本。
　　
　　汉文大藏经也于奈良时代由中国传入日本。当唐开元藏编定的后五年、即开元二十三年（７３５），由唐留学归国的玄昉曾携回汉文经论五千余卷，奉进于日廷（《元亨释书》卷十六）；之后四年、即日本天平十一年（７３９）敕依《开元目录》写一切经五千零四十八卷（《东大寺要录》卷一）。又鉴真于公元７５８年（日本天平字二年）秋也在日本率众开写大藏经五千零四十八卷，收藏于奈良唐招提寺。因而日本天平时代是佛教写经的最盛时期。
　　
　　又由唐神龙三年（７０７）及开元二十六年（７３８）中国各州郡奉敕普建龙兴寺、开元寺（见《佛祖统纪》卷四十）的影响，日本也由道慈等的建议，于天平十三年（７４１）在全国各地建立国分寺和国分尼寺，寺各置僧二十人或尼十人（《续日本纪》卷十四）。其中有名的大和国分寺（即东大寺）的卢舍那佛像，也是仿唐神龙初年（７０５）兴造的白司马坂大铜佛像而铸造的。
　　
　　公元７９４年日本国都由奈良北迁于仿唐京长安而建设的平安新城，为促进全国宗教文化的新兴运动，仍派遣僧俗入唐留学，于是复有天台、真言两宗的开创。其时佛教界突出的人物，有比璿山天台宗开宗大师最澄和高野山真言宗开宗大师空海。这两位大师都于唐贞元二十年（８０４）泛海入唐求法。最澄和他的弟子义真乘日本遣唐使第二舶于当年九月到达明州，并转赴台州，从天台山修禅寺道邃、佛陇寺行满学习了天台教义，并从道邃受菩萨戒，又从禅林寺翛然受学牛头禅法。翌年（８０５）三月更转赴越州龙兴寺，从泰岳灵岩寺顺晓学习密教，并受秘密灌顶。于同年五月携同在唐所得的经论疏记二百三十余部，乘遣唐舶归国，大弘教化，在比璿山开创天台一宗，兼传密教和大乘戒法，所著有《唐决集》、《守护国界章》等书二百八十余部，殁后谥称传教大师。与最澄同时入唐的空海系乘遣唐使第一舶，于当年（８０４）九月到达福州，旋入唐京。翌年奉敕居西明寺，历访长安诸刹名德，蒙青龙寺惠果阿阇黎授以金胎两部真言秘藏，尽诸蕴奥，并授以阿阇黎位灌顶。惠果又令画工、经主、铸工李真等图绘所有秘密曼荼罗及书写《金刚顶》等最上乘密经、新造各庄严具并佛舍利等相赠。空海于元和元年（８０６）八月赍同在唐所得经轨章疏二百十六部及诸图具等乘遣唐舶返国，盛弘密教，朝野尊崇，并于高野山创建根本道场，开启真言一宗的规模。所著有《秘密曼荼罗教付法传》、《辩显密二教论》等书一百五十余部，殁后谥称为弘法大师。
　　
　　从那以后，天台、真言两宗在日本平安时代（７８２—１１９１）非常发达；日本佛教史上有名的“入唐八家”，即是指最澄和他的法裔圆仁、圆珍等属于天台宗的三家，以及空海和他的法裔常晓、圆行、慧运、宗睿等属于真言宗的五家而言。
　　
　　其中圆仁出于最澄门下，于开成三年（８３８）与圆行等共乘遣唐舶抵扬州海陵，在当地开元寺从沙门宗睿学梵书，又从全雅受灌顶及两部曼荼罗、诸尊仪轨、佛舍利等。嗣转经青州，登五台山，从沙门志远受学天台教义。更到长安，奉敕居资圣寺，又从大兴善寺元政阿阇黎学金刚界大法，会昌元年（８４１）从青龙寺义真受学胎藏界法并灌顶，又从元法寺法全受传仪轨，从醴泉寺宗颖习止观，在长安六年，然后赍同在各地求得的经论章疏五百八十五部及诸图像道具等，于大中元年（８４７）由登州乘新罗舶返国，仍登璿山，盛弘台、密二教。所著有《金刚顶经疏》等十余部。又他在唐时曾将他求法巡礼的见闻经历，写成《入唐求法巡礼行记》四卷（现存），不仅为中日佛教关系的珍贵史料，而且也是叙述当时唐代佛教和社会状况的重要史料。嗣后有沙门圆珍，是最澄弟子义真的门下，于大中七年（８５３）随唐人钦良晖的商舶入唐，经福、温、台、越各州，历访诸寺，受学于存式、物外、良谞等门下。后至长安，从青龙寺法全受瑜伽密教，又在龙兴寺和大兴善寺受金胎等曼荼罗及新译经法。仍南登天台山访国清寺，以后携同所得经卷四百四十一部及诸宝物道具于大中十二年（８５８）仍由台州乘唐人李延孝的商舶返国弘化。
　　
　　常晓与圆行于开成三年（８３８）同乘遣唐舶抵达扬州，常晓入栖灵寺，从文璨（一作文傺）阿阇黎受金刚灌顶和太元密法，翌年（８３９）又谒华林寺大德问学三论宗义，后携所得经籍文物于同年八月仍乘遣唐舶归国，传弘密教。和常晓同行入唐的圆行，则入长安受教于青龙寺义真，因慧解明达，奉敕为内供奉大德，仍于翌年和常晓同舶返国。慧运也于开成三年（８３８）、一说是会昌二年（８４２）乘唐人李树人的商舶来抵温州，即入长安，礼青龙寺义真入灌顶坛，受诸密印，后于大中元年（８４７）乘唐人张支信的商舶归国弘化，并兴建安祥寺，形成真言宗安祥寺流的一派。宗睿则于咸通三年（８６２）乘唐人张支信的商舶入唐，初至汴州，谒玄庆阿阇黎受金刚部法；更至长安，从青龙寺法全学胎藏法，重受灌顶；又随造玄、智慧轮诸德学诸秘赜。并朝天台、五台诸山，随处访写经籍。于咸通七年（８６６）携同所得经书一百三十四部及诸文物等由明州登唐入李延孝舶返国，传衍密教。以上入唐八家都由中国求得大量的经书文物回国，并各编有一部《请来目录》，这对于日本佛教的发展起了推进的作用。
　　
　　以上日本天台、真言二宗是这一时期最占优势的两个宗派，即日本历史上所谓“平安二宗”。
　　
　　在这一时期，中日佛教关系史上还值得特别提出的，是中国普陀山的观音道场系因日本高僧惠萼而开创。惠萼曾于会昌元年（８４１）、四年（８４４）迭次来中国求学，并曾谒请杭州灵池寺齐安国师（马祖道一的法嗣）派遣上首义空禅师去到日本弘传禅法。惠萼又于大中十二年（８５８）赍同他在朝拜五台山时得到的观音圣像一尊，由明州航海准备回国，船行到普陀山不能前进，他便下船奉像在山结庐供养，渐渐兴建补陀山寺（后改名普济寺），遂开创了普陀山的观音道场。
　　
　　这时日本佛教界已搜罗并保存了大量的中国佛教典籍，而中国则因会昌的法难（８４５）和五代的战乱摧毁而经像不全；时中国吴越商舶航行日本往来频繁，公元９６０年吴越王钱弘俶曾遣使备金向日本和高丽求写天台教籍，使台宗的章疏复还归中土，而有利于中国天台宗在宋朝的复兴。
　　
　　五代、北宋间，日本沙门来中国参学及朝礼名山佛迹的还不少；而较著名的则有奝然、寂昭、绍良、成寻等。其中奝然和他的徒众成算、嘉因等六人于太平兴国八年（９８３）乘宋人陈仁爽等的商舶来抵台州，翌年（９８４）入京见太宗帝，进献方物，蒙存抚甚厚，并赐紫衣及法济大师号，馆于太平兴国寺；又巡礼五台及洛阳龙门等胜迹，并蒙敕赠新印的摺本藏经五千余卷。与他同来的沙门成算，曾在洛阳太平兴国寺从中印高僧学习悉昙梵书；奝然的弟子嘉因并受了五部秘密灌顶。雍熙元年（９８５）他们一行仍由台州乘宋人郑仁德的商舶返国。奝然曾将在宋游学参访的经过写成《入宋日记》四卷（今佚）。至端拱元年（９８８），奝然又遣弟子嘉因和宋僧祚乾等来宋进表称谢，并献佛经及诸方物，兼访求宋朝新译的经典。嗣至咸平六年（１００３）日本天台宗源信以有关天台教义的疑问二十七条遣弟子寂昭等来明州，投问于宋四明传教沙门知礼，知礼随就所问一一答释。翌年（景德元年，１００４），寂昭等入朝，进佛像及金字《法华经》等，宋真宗因他书写精妙，诏号圆通大师，赐紫方袍，又敕为苏州僧录司，住吴门寺，后即在宋迁化。随后又有日本沙门绍良，于天圣六年（１０２８）奉师命以有关天台宗旨的疑间十条致问于知礼的嗣席广智，并齏金字《法华经》为贽见之礼，蒙广智详为解答并留受学，三年学成归国，弘演台教（《四明教行录》卷四）。嗣至熙宁五年（１０７２），日本台宗大云寺沙门成寻和徒众赖缘、快宗等七人乘商舶入宋朝礼天台、五台及南北佛教名迹，历访诸方尊宿，并进献方物，宋神宗因他们远来而有戒业，并赐紫衣，又赐成寻以善慧大师号。成寻留住中国九年，著有《参天台五台山记》八卷及《善财童子知识》集等若干卷，以元丰四年（１０８１）在宋京开宝寺圆寂，敕葬于天台山国清寺，并为建塔题称“日本善慧国师之塔”。此后日本沙门入宋参学并进献方物的仍络绎不绝。中国南宋时期适当日本镰仓幕府时代，佛教在日本趋向于大众化，由中国传入的禅宗和依唐善导的念佛法门而形成的净土等宗以及由天台法华教义而开演的日莲各宗，于是勃然兴起。　　

　　禅学在日本，以往虽有道昭、道璿、最澄、圆仁和唐僧义安等由唐传入，但禅宗正式的弘传，却开始于入宋参学归国而首创临济宗的荣西（１１４１—１２１５）。荣西于南宋乾道四年（１１６８）和淳熙十四年（１１８７）两次入宋，参学于天台、庐山、育王、天童诸山，时虚庵怀敞住天台万年寺，荣西再度往谒，受传临济心印；后怀敞移住天童，荣西也随侍研学；于雍熙二年（１１９１），又蒙付与衣具印信，归国后大兴禅学，学徒云集，朝野尊尚，在建仁寺开山，并著有《兴禅护国论》等七部九卷，成为日本临济宗的新宗派。荣西的再传弟子道元（１２００—１２５３）也于南宋嘉定十六年（１２２３）入宋，历访天童、径山、天台等山，参谒无际了派、浙翁如琰诸禅宿，终于得到天童长翁如净的启发而豁然开悟，并蒙印可，受传秘蕴及衣具顶相，于宝庆三年（１２２７）归国，也盛弘禅学，在永平寺开山，撰有《正法眼藏》、《永平清规》、《永平广录》、《普劝坐禅仪》等九部一百十八卷，成为日本的曹洞一宗。
　　
　　由于船舶交通的便利，日本的禅僧入宋参学以及宋僧往日本弘传禅学的，在这一时其中非常频繁，其突出的人物，有日本临济宗的圆尔辨圆（荣西的法孙，１２５５年入宋，受天台教于柏庭善月，历参痴绝道冲、笑翁妙堪、石田法熏诸禅宿，后登径山，嗣法于无准师范，１２４１年归国，开创东福寺，宣唱教禅一致之学，门庭很盛）、无关普门（圆尔辨圆的弟子，１２５１年入宋，在宋参学十二年，得法于无准师范的弟子净慈寺断桥妙伦，１２６２年归国，开创南禅寺）、无象静照（１２５２年入宋，登径山，嗣法于石谿心月，又遍访育王、天童、天台、净慈诸山刹，历参虚堂智愚等禅宿，于１２６２年归国，后开创佛心寺，并著有《兴禅记》一卷）、南浦绍明（在日宋僧兰溪道隆的弟子，１２５９年入宋，至净慈参虚堂智愚，后又随智愚往径山，并嗣其法，于１２６７年回国，重谒道隆，为嘉元寺开山）、曹洞宗的寒山义尹（道元的弟子，１２５３年、１２６４年两次入宋，参学于天童、净慈的义远、智愚等，１２６７年归国，开创大慈寺）、彻通义介（道元的弟子，１２５９年入宋，参径山、天童等山，历访禅德，于１２６２年归国，为永平寺第三祖）等人。
　　
　　这一期间中国禅僧去日本行化的，有宋阳山无明慧性的法嗣兰溪道隆，因日本入宋禅僧明观智镜等的劝请，于淳祐六年（１２４６）携同弟子义翁绍仁、龙江等乘舶渡日游化，依宋地清规宣扬禅风，受到当时幕府和衲众的归依，创建长禅寺，有《语录》三卷，于祥兴元年（１２７８）在日圆寂，谥号大觉禅师。日籍徒众嗣法的有南浦绍明等二十四人，其中渡海再入宋参学的有十一人之多。随后又有径山无准师范的法嗣南禅福圣寺兀庵普宁，因道隆由日来书劝请，于景定元年（１２６０）乘舶赴日，继道隆住建长寺，接引学人；得法的有东海惠安、南洲宏海等人，在日弘化五年，仍于咸淳元年（１２６５）留偈返宋。至咸淳五年（１２６９），径山石谿心月的法嗣大休正念也乘商舶赴日弘化，被请主禅兴寺，又历住诸大名刹，有《语录》六卷，后即在日圆寂，谥号佛源禅师。随后又有天童石帆惟衍的法嗣西涧士昙，于咸淳七年（１２７１）渡日，不肯主持一刹，在京都、镰仓间游化七年，仍于祥兴元年（１２７８）返宋。同年七月，宋高僧道隆在日圆寂，日幕府即遣禅僧德诠、宗英二人入宋，迎请无准师范门下的高德无学祖元莅日，主持建长寺。祖元即和他的禅友境堂觉圆、弟子梵光一镜等渡日行化，在建长寺大扬禅风，受日朝野和僧俗的一致欢迎，并为圆觉寺开山初祖。后于１２８６年圆寂，谥号佛光国师。
　　
　　南宋以后中日禅僧往来密切，因而禅学在日本当时甚为繁荣。日本禅僧到中国各山寺参访的人数众多，而中国江南的径山、灵隐、天童、净慈、育王等五山，和中天竺、道场、蒋山、万寿、雪窦、江心、雪峰、双林、虎邱、国清等十刹，也成为日本禅和子所经常挂锡的祖庭。乃至日本各禅刹中，也有所谓五山十刹的仿设。其各禅寺的构造、禅堂的设备乃至日常生活，也多模拟宋地禅刹式样，甚至开示语录中杂有宋语，而中国禅门诗偈在日本禅林中也非常流行，这自然是受中国丛林的影响。
　　
　　在律宗方面，南宋的律学也引起了日本律宗的复兴。庆元五年（１１９９）春，日本律学沙门俊荏“以大小律范，未尽其要，须入中华抉择所疑”，即偕弟子安秀、长贺二人乘舶入宋，历访天台、雪窦、径山等两浙名蓝，谘询禅教，翌年（１２００）春，入四明景福寺，随侍如庵了宏律师学习毗尼六年，开遮持犯，涣然通解。又和宋地教、禅、律学名僧广泛交游，最后仍就温州广德律师学“七灭诤”。于嘉定四年（１２１１）携同所得的经律章疏二千余卷和佛舍利等由明州乘舶返国，重兴律学，日皇和幕府都奉他为戒师，为泉涌寺开山初祖。随后，又有律学沙门昙照净业，于嘉定七年（１２１４）及绍定四年（１２３１）两次入宋，从中峰铁翁守一重受具戒，深探篇聚，又至诸山广学教律，并携同所求得的宋版一切经及佛像梵筴等回国，开创戒光寺，和泉涌寺并称为二大律刹，教化很广。又泉涌寺俊荏的门弟子湛海、智镜、道玄等也先后入宋访问戒德、寻求律籍回国。对于日本律宗的发展作了有力的贡献。
　　
　　日本沙门在两宋时代曾多次求得宋版大藏经如蜀藏、福州藏等回国，并时在奈良、京都、镰仓各大寺中举行一切经供养会，典仪很盛。对于中日佛教文化的传通具有重要意义。
　　
　　原由唐宋传入的净土念佛法门，在当时日本也逐渐流播。至十二世纪初，出身于天台的高僧良忍（１０７２—１１３２）以《华严》、《法华》圆融无碍的教义融通念佛，开创了圆通念佛宗。随后又有出身于天台的高僧法然（１１３３—１２１２）确立纯粹念佛、他力往生的教义，创立净土宗。法然门下又有亲鸾（１１７３—１２６２），著有《教行信证文类》，专修念佛，并带妻弘教，开创净土真宗。他这一宗在日本发展最盛，后并分为大谷和本愿寺等派。嗣后净土宗下又出现了一位高僧一遍（１２３９—１２８９）游行念佛，创立时宗。另一方面，又有出身于天台宗的高僧日莲（１２２２—１２８２），奉持汉译的《法华经》，以高唱“南无妙法莲华经”题目为主，而新创了一个日莲宗，后并分出若干流派。由于以上弘扬净土念佛各宗和日莲宗的兴起，使佛教在日本更形大众化，这是日本镰仓时代（１１９３—１３８０）佛教的一大特色。当然这也是基于中国佛教的传衍而形成的宗派。十三世纪间日本因元兵往侵而曾经和中国国交中断，至大德三年（１２９９），元成宗遣江浙释教总统普陀山高僧一山一宁和弟子石梁仁恭及曾到日游化过的平山万寿寺禅僧西涧、士昙等往日本通好，受到日本朝野的欢迎和崇敬。他们并请一宁住建长、圆觉、净智、南禅等大禅寺，后来一宁于１３１７年在日圆寂，被谥为国师。士昙也被请住圆觉、建长，１３０６年在日圆寂，谥号大通禅师。一宁在镰仓、京都盛扬禅风，前后近二十年，门下造就的英才甚众，其中如龙山德见、雪村友梅、无著良缘、嵩山居中、东林友丘等，都曾入元朝礼祖庭，重事参究。从此以后，元高僧被请到日弘化的，先后有东明惠日（原在明州白云寺开法，因日本书聘，于１３０９年渡日，历住建长、万寿、东胜、寿福等寺，行化三十年，朝野崇敬，于１３４０年在日圆寂）、清拙正澄（原住松江真净寺，日本入元禅僧多数从他参学，于１３２６年应请东渡，历主建长、净智、圆觉、建仁、南禅等寺，实行中国禅林清规制度，并为开善寺开山初祖，１３３９年在日圆寂，谥号大鉴禅师。有《语录》九卷、《大鉴清规》等若干卷）、明极楚俊（历任双林、径山、灵隐、天童第一座，１３２９年日廷聘请东渡，历主诸大名刹，化导甚广，于１３３６年在日圆寂，谥号佛日焰慧禅师）、竺僊楚仙（与楚俊同时东渡，历主建长、南禅、建仁诸寺，１３４７年在日圆寂，有《语录》若干卷），此外又有东里弘会（１３０８年赴日弘化，受请住禅兴、建长等寺，各方禅衲参请不绝，１３１８年在日圆寂）、灵山道隐（１３１９年赴日行化，主建长寺，寺规严整，七众崇敬，１３２５年在日圆寂，谥号佛慧禅师）、东陵永玙（１３５１年东渡弘化，历主天龙、南禅、圆觉、建长诸寺，１３６５年在日圆寂，谥号慧海慈济禅师）等也相继赴日弘化，接引彼邦学人。据师蛮的《本朝高僧传》卷二十五说：“东渡宗师十有余人，皆是法中狮也。”可以想见我国古德在日本传弘的盛况。
　　
　　另一方面，日本禅师来元参学的也络绎不绝，其中特出的有龙山德见（元僧一宁的弟子，１３０５年入元参东岩会，后又历参诸方，复应请住隆兴兜率寺，在元四十五年，１３４９年归国，受足利幕府归依，历住南禅、天龙等寺）、远溪祖雄（１３０６年入元，登天目山，师事中峰七年，并嗣其法，１３１６年归国，开高清寺）、雪村友梅（１３０７年入元，历访名宿，曾被请住长安翠微寺，元文宗赐号宝境真空禅师，１３２９年回国，历主诸大禅刹，有《岷峨诗集》）、嵩山居中（１３０９年及１３１８年两次入元参学，曾为蒋山昙方忠会下的第一座，最后于１３２３年归国，历主名刹）、复庵宗已（１３１０年入元，师事天目中峰明本九年，明本寂后于１３２２年归国，开创诸寺，门下的禅众常二千人）、无隐元晦（和宗已一同入元，嗣法于中峰明本，１３２６年归国，历主圣福、圆觉、建长等名刹）、古先印元（１３１８年入元，历事无见睹、中峰明本、古林茂等，１３２６年邀同清拙正澄赴日弘化，本人也历主诸大名刹）、寂室元光（１３２０年入元，历参中峰、元叟、吉林、清拙、灵石、绝华、无目、断崖诸德，１３２６年归国，后开永源寺）、物外可什（１３２０年入元，遍游江浙禅林，１３２９年邀同元僧明极楚俊到日弘化，本人也被请历住崇福、建长等寺）、东洲至道（圆尔辨圆的法嗣，入元在大都创大觉寺，迄未回国）、月林道皎（１３２２年入元，师事古林清茂八年，并嗣其法，元文宗赐号佛惠智鉴大师，１３３０年归国，开长福寺）、中岩圆月（１３２５年入元，历访雪窦、天宁、凤台谒灵石芝、古林茂等，１３３２年归国，创吉祥寺，并历住诸名刹，有语录、诗集等）、不闻契闻（１３２６年入元，游历天台、灵隐、净慈等山，参见诸老，１３３３年归国后，主持圆觉寺）、古源邵元（１３２７年入元，谒华顶、天目、龙山、五台诸山，又久居嵩山少林，在大都时曾预选入宫转大藏经，１３４７年归国，住大圣、等持、东福等寺）、无文元选（１３３９年入元，参福州古梅友、天宁楚石琦、大觉了庵欲、天目千岩长，于１３５０年８归国，开方广寺）、愚中周及（１３４１年入元，师事曹源月江印、金山即休了等，于１３５１年归国，开创佛通寺）、大拙祖能（１３４３年入元，到福州参无言宣、东阳辉，后嗣天目千岩长，１３５８年归国，风化九州，又移关东，开楞严寺，四方从学的达三万人）、无我省吾（１３４８年和１３６３年两次入元，历参诸德，后在中国圆寂）等。当时中国禅学风范受到日本禅僧的非常崇慕，元僧清拙正澄在日圆寂后，他的徒众二十五人曾同时入元参学；又大拙祖能于１３４３年入元游学时，他的同参一行数十人也相偕入元参习。其时日僧登天目山参叩中峰明本的人数很多，其中著名的即有远溪祖雄、可翁宗然、嵩山居中、大朴玄素、复庵宗已、孤峰觉明、别源圆旨、明叟齐哲、平田慈均、无碍妙谦、古先印元、业海本净、祖继大智等人，可见两国禅学的亲缘关系。
　　
　　一直到元末尚留在中国的日禅僧还不少，其中日沙门椿庭海寿，曾任净慈第二座，又曾住应天府（南京）天界寺，明太祖选名僧校藏经时，他也被选参加，并蒙召见，询问国情。洪武五年（１３７２）更住鄞县福昌寺。又日沙门权中巽，曾于明初（１３６８）任杭州中天竺寺藏主。又日沙门无我省吾在牛头山，曾受明太祖召见，赐以紫衣，后来即在明地圆寂。至洪武六年（１３７３）明太祖又特遣禅僧仲猷祖阐（宁波天宁禅寺住持）、教僧无逸克勤（金陵瓦官教寺住持）等出使日本，并遣在明的日僧椿庭海寿、权中巽二人为通事随往；随后日本也遣僧文珪、如瑶相继使明。建文四年（１４０２）明惠帝又遣禅僧道彝天伦、教僧一庵一如等使日，嗣后日本也遣僧坚中圭密及祥庵梵云、明空等来明通商。乃至日足利幕府和明朝通商，也多以该国的禅僧为使节，而展开了中日海上的交通贸易。因而明代日僧来华的也还不少，其中值得叙述的则有绝海中津（１３６８年入明，参中天竺、道场、灵隐、天童的季潭泐、清远渭、良用贞、了道一诸德，曾蒙明太祖接见并赋诗，于１３７６年回国，开创宝冠寺，后又被请住等持、相国等寺）、龙室道渊（明宁波人，后赴日本嗣法于圣福寺宏书记，１４３２年为遣明使入明，宣宗授以僧录司右觉义之职，１４３４年返日，住天龙寺）、雪舟等扬（１４６８年从遣明使入明，他的画法受到明宪宗欣赏，命为天童第一座，１４６９年返国）、了庵桂悟（原为东福寺僧，１５１１年八十三岁为遣明使，受明武宗崇敬，令住育王山广利寺，赐金襕袈裟，１５１３年归国，后住南禅寺）、策彦周良（天龙寺僧，曾于１５３９及１５４７年先后为遣明使入明。明世宗以诗和他唱和，他撰有《入唐〔明〕记初度集》、《再度集》共五卷，归国仍住天龙寺，为朝野所尊敬）等数人而已。
　　
　　至十七世纪，由于中日商舶往来频繁，明僧真圆、觉海、超然先后被请往长歧，开创东明山兴福寺和紫山福济寺、圣寿山崇福寺，即所谓三唐寺。当时中国沙门多往游住。至明永历八年（１６５４），福州黄檗山高僧隐元隆琦，因长歧崇福寺僧超然的再四邀请，于同年七月和他的门弟子泛舶到日弘化，又受江户德川幕府的皈依，在宇治开创黄檗山万福寺，举扬黄檗的宗风，并设坛传授禅门大戒，当时日本曹洞、临济两宗的禅僧，纷纷投入他的会下，日朝廷并尊他为大光普照国师，１６７３年在日圆寂，年八十二；有语录、法语各若干卷，《松堂集》、《太和集》各二卷等，被奉为日本黄檗宗的初祖。随从隐元渡日的弟子，如大眉性善、慧林性机、独湛性莹、独吼性狮、南源性派等都是一时的禅门英杰。嗣又有隐元的法嗣木庵性瑫、即非如一，分别于永历九年（１６５５）、十年（１６５６）赴日，辅翼隐元的法化，时人称为二甘露门。嗣后继承日本黄檗山法席的列代禅师，如木庵、慧林、独湛、高泉、千呆、悦山、悦峰、灵源、旭如、独文、杲堂等人，皆是由中国前往弘化的高僧。而黄檗山的学修清规，如参禅兼念佛，平常用汉语，诵经用汉音，乃至饮食生活也都是中国式样；比之日本原来的临济、曹洞两宗，更富有中国禅学风味。直至第十四世以后，才有日人继任法席；日本黄檗宗所属各寺，至今仍保持有中国近代禅林的风范。
　　
　　十九世纪以来，中日佛教间仍频有接触，而值得特别提出的是晚清杨文会在南京刊印经典、复兴佛教，得到日本南条文雄氏的协助，代为搜求到许多我国已经佚失的古德著述，特别是法相唯识方面的章疏逸籍，有益于中国经典的重刻和佛学的研究。