密乘禅定属于大乘禅定，同样以普渡众生、自利利他为宗旨，但其具体的禅定操作方法与原有的大小乘禅定在外观形式上多有不同，别具特色，花样繁多，在佛学发展到晚期才出现，并自成体系，故别立一门。三乘禅法中，以密乘禅法为最多。按其出现顺序、理论深浅，密乘禅定可分为事部、行部、瑜伽部和无上瑜伽部四部瑜伽。按修习目的和方法，又可分为三类：本尊法、气脉明点修法和菩提心、光明修法。此三者所依据的理论均为密乘禅定所独有，乃佛教医学禅定治疗体系在大小乘禅定基础上的进一步发展和完善。

　　本尊法以三密相应为理论基础，谓人们的本来清净心性因迷执而不显，故选取一位已证得此本来面目的佛为自己的本尊，在修习时以自己的身口意与本尊的身口意相应无间，从而与本尊感应沟通，获得加持，使自己本来的清净身口意三密速疾显现，即身成佛。四部瑜伽各有多种本尊法，下三部瑜伽的本尊法分为佛部（以五方佛为主尊）、莲花部（以观音菩萨为主尊）、金刚部（以不动明王为主尊），无上部瑜伽的本尊法分为父部（以密集金刚为主尊）、母部（以上乐金刚为主尊）、无二部（以时轮金刚为主尊），其本尊虽各有差别，但修习原理及方法皆大体相近。气脉明点修法的理论依据为密乘无上瑜伽的三层身心观，以观想、调息或诵咒为手段，调控并改善自身的气脉明点，促使人的身心发生变化。主要有九节佛风、宝瓶气、拙火定等多种方法。菩提心及光明修法，以无上瑜伽心性即光明的思想为理论依据，将心性及心性光明作为禅观对象。其中“净菩提心观”把人的本来心性形象化为明月之光，光明大手印、大圆满彻却等，则直接观察心性光明。

　　佛教医学总的思路特点，乃如陈兵先生所言，认为病生于业（心理与行为），业起于心，心的无明、烦恼乃所有痛苦之源乃至世间一切污秽、痛苦之本。只有众善奉行，自净其心，修戒定慧三学乃至菩萨六度，由人心净化导致人体净化，由人心净化导致国土净化 ，才能最终实现其度尽所有众生入无余涅槃的终极健康目标。