心身关系认识模糊不清，一直是现代医学模式中最突出的缺陷之一。迄今为止，现代自然科学由于思路的局限，终未能在其外求实证的道路上探究到意识的本质。因而使得现代医学在心身关系的研究中，无法找到一确定的准则。无论是以心身二元论的假定前提为基础，试图揭示心身互相影响的生理机制的研究，还是以心产生于身的唯物论哲学为指导，力求解决大脑如何产生意识以及意识又如何反作用于身体的问题的研究，其结果目前来看都远不能令人满 意。现代医学中对心身关系研究所取得的最重要成果，则是避开心身互相影响的机制，直接研究观察由心理导致的生理变化和由生理导致的意识变化。由此总结出的理论，如巴浦洛夫的条件反射与皮层内脏相关学说、塞里尔的应激学说、沃尔夫的心理生理学说、下丘脑刺激学说以及当前最为热门的对于神经递质的研究等，为现代心身医学奠定了理论基础。

　　与现代医学不同，佛教医学从其一贯的缘起唯心的角度出发，对心身关系的认识采取了就自然科学看来非常独特的思路，形成了自己独具的一整套理论。其中包括最早的五蕴缘起学说，十二因缘理论以及后来密宗提倡的三层心身理论等。

　　一．五蕴缘起的心身观

　　心身的五蕴缘起观，是佛教医学对心身关系所做最初也最为简单的概括。五蕴之蕴意为积聚、品类，五蕴即五种东西积聚合集。心身之五蕴缘起意谓人乃色、受、想、行、识五类东西积集在一起，和合而成，不可分割。五者中色指人的物质身体；受想行识指人的心理意识，总名为心。人由五蕴缘起而成即是由心身二者缘起而成。具体分析，色蕴由地火水风四大元素集合而成，统称四大或四界。地大之性是坚固，表固态；水大之性是润泽、流动，表液态；火大之性为暖热，风大之性为运动。人身中发、爪、齿、皮肤及骨肉筋脉、五脏六腑等物质皆属地大，脑髓、眼泪、汗水、血液、口水、小便等液态物质皆属水大，人的体温及饮食消化之功能属火大。呼吸、动作等属风大，它们共同构成了人的生物有机体及其各种动态功能。受蕴指人主观或心理上因接受外界刺激而产生的感受，包括感觉、情绪、感情等心理活动；想蕴指与感官印象或名词等概念符号相关的意识活动，包括知觉、回忆、思维、想象等；行蕴指人心理有目的、有动机的意向性活动，包括人的意志、动机等；识蕴指人的意识所具有的统觉功能及各种深层心理功能（潜意识功能），为各种心理活动的核心。它们共同构成人心的一面。心与身互相缘起的观点与西方心身平行的二元心身观颇有不同，其着眼点乃是心身相互依存，一体不二的关系，心身合之则双存，分之则两亡。

　　二．无上瑜伽的三层心身结构

　　佛教医学这种心身互为缘起，一体不二的思想，在晚期密乘佛教中，得到进一步的丰富和发展，更为深入而细致化了。具体表现为密乘无上瑜伽的三层心身思想。

　　　　所谓三层身心，是指无上瑜伽把人身心分成粗身心、细身心及最细身心三个层次。第一层为表层粗身心，其中粗身是指一般人肉眼可见，由四大积集而成的人的生物有机体。从现代生物医学角度看，相当于解剖学、组织学、生理学以肉眼和显微镜观测到人体构造及生理活动。粗心，是指人的眼、耳、鼻、舌、身、意等前六识的感觉、知觉及心理、思维活动。这一层的心身，均粗显易见，为现代心身医学所研究的主要对象，无上瑜伽讨论较少。

　　三层身心的第二层为潜藏在粗身心下的细身和细心，此乃佛教医学探讨心身关系之重点。所谓细身是指由气、脉、明点按一定法则构成的内在微细的生理机制。虽然人的肉眼不可见，却是表层身心发挥作用的内在根源。其中的气，是指人身中肉眼不见却具有推动生命活动正常进行作用的生命能量，共有108种之多。最重要的气有十种，分为两类。一为根本气，包括五种：持命气为人的生命之本；下行气推动代谢终产物从下身的排泄，如粪尿等；上行气引气上行，维持上半身的饮食、语言、思维等活动；平住气推动胃肠消化吸收；遍行气维系全身的肢体运动。第二类为支分气，分别维持人的五种感官功能。其中行气（龙气）维持视觉功能，循行气（龟气）维持听觉功能，最行气（提婆气）维持味觉功能，正行气（海马气）维持嗅觉，决行气（财生气）维持触觉。

　　脉，为气所循行之通道，其作用相当于中医所言之经络。无上瑜伽认为人身共有七万二千脉，其中主要的有一百二十脉，更重要者为其中的二十四脉，最为主要的是左、中、右三脉。左脉主行精，右脉主运血。常人的精血行于左右脉中，中脉一般扁缩不通，只有通过专门的瑜伽修炼方法锻炼才能打开。以中脉为轴，在人的项、喉、心、脐、会阴等处向四周辐射出若干支脉，此即为脉轮。其中，项喉心脐四轮为根本轮，心轮中所藏黄豆大的“和合”圆点，为人阿赖耶识之根本。另外中脉底端的海底轮为生命之气的发源地，潜藏有无穷的人体能量。

　　明点意为精滴，为人身中生命能量的凝聚体，分为三类：第一类为离戏明点，代表了佛陀所说的自性涅槃状态，故无法以人类目前的名词概念描述，只有达到涅槃的人才能见到。第二类为错乱明点，是目前一般人身中所具，又分不坏明点、咒明点及风明点三种。不坏明点禀自父母精血而生，终生不坏，并随人的心理活动之变化在中脉内上下移动。咒明点与风明点都是指在进行无上瑜伽修炼时由观想而结成之明点。第三类为物明点，意谓此类明点有质地及形相。物明点又分净浊二分。其中的净分指禀自父精的“白菩提”和禀自母血的红菩提，为产生人的生命能量和智慧之本；浊分是指以先天的红白菩提为本吸收饮食中之精华而生的各种体液。

　　气、脉、明点共同组合为人的细身，脉为气与明点运动之轨道，明点为气之凝集，气为明点所蕴能量之运动。

　　与细身相应的细心，是指潜伏于人的六识之下的第七识与第八识，尤其是指第八阿赖耶识中所深藏的六根本烦恼，二十随烦恼及与八识性妄相联系的一切无明妄想。