与前期相比，中后期历代国玉更加崇奉佛教。他们当中有不少人受菩萨戒，经常读经拜佛。常请禅僧说禅，设百座法会请僧讲经，举办各种修忏法会，或求雨，或祈福消灾，或求国泰民安，公元10世纪末至11世纪初，北方契丹3次入侵，11至12世纪之交，女真入侵，13世纪，蒙古前后6次入侵。

　　在这种情况下，笃信佛教的国王一再到寺院设供，举办法会，甚至发愿和实施雕印《大藏经》，祈求佛菩萨和善神的佑助，击退外敌，国王滥建寺院，度良民为僧，向寺院施舍大量土地财物，对国家财政构成严重危胁。忠宣王五年（1313）让位于忠肃王，自为“上王”，每天饭2千僧，点2千灯，5日可饭僧1万，点灯1万，称之为“万僧会”。浪费之大由此可见。

　　由于佛教势力急剧膨胀，僧侣在政治上的影响也增大。

　　仁宗（1123—1146在位）宠信的僧人妙清，权势很大，最后谋反，遭到朝臣杀害。恭愍王（1352—1374在位）宠信僧人遍照（辛旽），让他参与国政，权力倾朝，“百官诣门议事”，后以“谋逆”罪被朝臣处死。此外，在明宗（1171年）和高宗时（1217年）都发生僧人武装暴乱事件，人数成百上千，被杀的很多。

　　关于高丽中后期社会上流行的佛教宗派，史书上有所谓“五教二宗”的说法。但具体所指，有不同的见解。常见的说法说：“五教”包括戒律宗、法相宗、法性宗（三论宗）、圆融宗（华严宗）、天台宗；“二宗”指禅寂宗（禅宗）以及新成立的曹溪宗（也属禅宗系统）。但在一般书中，“五教二宗”往往是整个佛教界的代称，如元宗二年（1261）“设五教法席于内殿”，十四年（1273）“幸贤圣寺，集五教两宗僧徒”，恭愍王十九年（1370）“设工夫选，大会两宗五教袖子”等等。“五教”简称“教”，指禅宗以外的以佛教经论为依据的宗派，“二宗”简称“宗”，指“教外别传”的禅宗。

　　为选拔高级僧人指导传教和管理僧尼事务，从高丽初期就开始设置僧侣考试制度，至宣宗时（1084—1094）制度已达完备。一般称此为“僧科”。僧科仿进士科举制，每3年一选，试以佛教经、论。到高丽末年以至李朝时期，禅宗僧则试以《景德传灯录》及高丽慧湛的《禅门拈颂集》；教宗僧则试以《华严经》及《十地经论》。通过僧科考试，僧人可得到不同的阶位。禅宗的法阶有大选、大德、大师、重大师、三重大师、禅师、大禅师；教宗的法阶有大选、大德、大师、重大师、三重大师、首座、僧统。全国最高的僧官是“王师”和“国师”。王师与国师必须从上述禅宗的禅师、大禅师和教宗的首座和僧统中任命。

　　高丽的僧尼管理制度是仿照唐宋而建立的。新罗时期已设僧官，高丽王朝继承并有发展，设左右街僧录司统摄僧众，主管一切佛教事务及宾馆威仪的事情。僧录司设僧维、僧正、副僧录、都僧录，统摄两街僧录的是左右两街僧统。

　　高丽末年，随着儒学的兴起，佛教的干政和日趋腐败，逐渐引起排佛之风。高丽忠烈王时（1275—1308）置国学，派人入元画回孔子和72弟子像供奉，购祭器及儒家经书，建大成殿和学宫，培养儒生。此后儒学渐兴，恭憨王十六年（1367）命郑梦周等为学官，增置生员，授朱亮《四书集注》，“程朱性理之学始兴”。郑梦周被推为“东方理学之祖”，令土庶仿朱子家礼，立家庙，奉祖先之把，致力发展儒学。辛昌（废王）时（1388）典法判官赵仁沃上疏指出佛教“固非所以治天下国家之道”，批评“近世以来，诸寺僧徒不顾其师寡欲之教，土田之租、奴婢之佣，不以供沸僧而以自富其身；出入寡妇之家，污染风俗：贿赂权势之门，希求巨利，其于清净绝俗之教何？”建议收土地于官府，对僧徒严加管理。恭让王二年（1390）儒者郑梦周上奏说儒者之道“至理存焉，尧舜之道亦不外此”，而佛教教人“辞亲戚，绝男女，独坐岩穴，草衣木食，观空寂灭为宗”，不是“平常之道”。此后，大司宪成石璘等人又上疏，批评佛教”无父无君”，“以毁纲常”，师其法必国灭绝祀。直到高丽灭亡前夕，大臣和儒者郑道传等多人连续上疏批评佛教妄谈祸福，劳民伤财，危害国家，应当革除。这些排佛之论，是李朝兴儒排佛的先声。