1644年，满洲贵族爱新觉罗氏攻取北京，替代明王朝入主中原，建立了多民族统一的大清帝国。从康熙到乾隆期间（1662—1795），内服诸藩，外御殖民者的侵略，疆域东起诸海，西至帕米尔，北自萨彦岭，南到南沙群岛；东南抵台湾，西北至巴尔喀什湖、楚河；东北趄自鄂霍次克海、外兴安岭，西南到西藏和克什米尔之拉达克。1840年鸦片战争，清王室丧权辱国，逐步沦为半殖民地半封建的国家，1911年被孙中山领导的辛亥革命推测，前后延续了267年。

　　满族原来信仰萨满教，对天神地祇的崇拜十分流行，与汉民族对天帝和土地的传统信仰极其相似。金代佛教相当发达，后金受金的影响，对佛教也不陌生，早在入关以前即与西藏喇嘛教发生联系。及至统一全国，吸收明王朝的政治制度，进一步加强了君主专制主义，在文化领域，大力崇奉孔子，提倡理学，禁止文人结社，实行空前严格的思想统制。对内地佛教继续采取利用，但从严控制的政策：对喇嘛教，则主要当作羁魔蒙藏上层、巩固中央统治的手段。

　　清代僧官取自明代旧制，在京设僧录司，有“正、副掌印”各1人，下设左右善世2人，阐教2人，讲经2人，觉义2人；各府、州、县各设僧纲、僧正、僧会1人，“由该地方官拣选，具结详报督抚，由督抚咨部派劄补授，年终汇报吏部。其钦记由该省布政司给发。”①全国佛教严密地控制在僧官手中；而僧官也没有什么独立的权力，只是执行世俗政权任务的工具。《大清律例》还规定，不许私建或增置寺院，不许私度僧尼，严格执行出家条件，严厉制裁淫乱僧尼等。

　　但是，作为统治思想的补充和个人精神生活的需要，清帝室也不乏对佛教表示兴趣的君主。清世祖曾先后召憨璞性聪、玉林通琇、木陈道态禅师入内廷说法，并分别赐号。一般认为，世祖在宠妃董氏死后，曾考虑过弃位出家。康熙帝六下江南，凡至名山大寺，往往书赐匾额。他又将明末隐迹山林的高僧逐一引入京师，以便控制和吸引亡明士人。雍正帝对禅颇有研究，自号“圆明居士”，曾辑《御选语录》19卷，并为这些语录撰写序文20余篇。

　　其《御制总序》称：“朕膺元后父母之任，并非开堂秉拂之人，欲期民物之安，唯循周孔之辙。所以御极以来，10年未谈禅宗，但念人天慧命，佛祖别传，拼双眉拖地以悟众生，留无上金丹以起枯朽……。”他提倡用“周孔”思想指导禅学，从而统一佛教。

　　雍正还撰有《御制拣魔辨异录》，把死去近百年的法藏重新提出作思想鞭挞。①《灵峰宗论》卷5之3《儒释宗传窃议序》。
　　①《大清会典》卷36，《礼部。僧官道官》。
　　法藏与圆悟同是明末江南的著名禅僧。圆悟传法26年，言满天下，王公大人皆自远趋风。他以“即事而真”为指导思想，以“棒唱交驰”教授学徒，突出“日应万缘而不挠其神，千难殊对而不干其虑”，是禅宗不问是非善恶的翻版。死后，钱谦益为撰《塔铭》。法藏拜圆悟为师，但以直承北宋觉范（惠洪）的《临济宗旨》自居，以“危言深论，不隐国是”，为士林所敬。从现存的言论看，他主张“但了凡心，别无圣解”，把着衣吃饭、喜笑怒骂都看作是禅的表现；以为“人心”即是“两端”，不参穷富善恶，不可得悟。这类观点与圆悟显然不同。当他作《五宗原》，阐发觉范对禅宗五家分宗的新说时，立即引起圆悟的驳难。由此开展了两家的争论，延续到他们死后的清代初年。法藏的禅思想得到黄宗羲等明末遗民的赞赏。至此，雍正直斥法藏等人“实为空王之乱臣，密云（圆悟）之赋予，世出世法并不可容者”。最后他以“天下主”的身份，敕令地方官吏详细查明法藏一支所有徒众，在组织上彻底摧垮。这一事件具有政治意义，反映清帝的心态相当复杂。

　　乾隆年间，完成了由雍正开始的汉文大藏经的雕刻，是谓“龙藏”。乾隆三十八年（1773），乾隆帝又组织人力将汉文大藏经译成满文，经18年完成，与由藏文译成的蒙文大藏经同时雕印。他明确表示，翻译满文藏经的目的，不在于要人们懂得佛教的哲理，而是使他们“皆知尊君亲上，去恶从善”。这个态度大致代表了清代诸帝的共同想法。

2.内地佛教

　　据《大清会典》统计，清初各省官建大寺6073处，小寺6409处；私建大寺8458处，小寺58682处。有僧110292人，尼8615人。总计寺院79622，僧尼118907人。乾隆初四年（1736—1739）共发出度牒340112张，令师徒相传，事实上私度并未停息。据近人太虚估算，清末各省约有80万僧。事实上，清代佛教随着国力衰弱，寺院荒废日甚，加上战火破坏，佛教在晚清已经处于全面危机的阶段。

　　清代内地佛教，主要是禅宗和净土宗。清初禅宗有临济宗和曹洞宗的对峙。临济宗在明末幻有正传下出密云圆悟、天隐圆修、雪娇圆信三家。圆悟一家又出汉月法藏、费隐通容、木陈道忞三支，在清初最有影响。圆修弟子为玉林通琇，也较著名。曹洞宗在明末无明慧经下出无异元来、永觉元贤、晦台元镜三家，清初各化一方。其中永觉元贤在福州鼓山涌泉寺提倡“鼓山禅”，其弟子为霖道需，在清初也有一定影响。

　　清初以后，禅宗的地位已渐为净土宗取代。雍正帝以禅门宗匠自居，对当时禅宗的败落进行严厉抨击，并以云栖袾宏为范例，鼓吹三教合一和禅净合一，提倡念佛净土。其后，乾隆大力扶植士大夫学佛运动，使念佛净土在社会深入推广，成为世俗学佛的基本内容。清代佛教僧侣中宣扬净土教最为得力的有行策、省庵、瑞安、印光等。其中行策著《起一心精进念佛七期规定》，为近代“打念佛七”之始；印光是近代净土宗的主要代表。在家信徒中，周梦颜、彭绍升、张师诚、杨文会等都以净土为学佛的归趣。周梦颜著有《西归直指》、《欲海回狂》等，提倡净土念佛，求人生解脱；彭绍升私淑于株宏，著有净土念佛方面著作十多种，并撰有《居士传》56卷。杨文会是清末最重要的佛教在家信徒，他具有各宗深厚的学问，但也以净土为学佛的归宿。

3.居士佛教

　　晚清佛教在社会上已衰弊至极，但在文士之中，佛教义学反而出现异常活跃的气象。