明太祖朱元璋17岁于濠州（安徽凤阳）皇觉寺出家，25岁投入白莲教徒郭子兴部下，加入打着佛教旗号的农民起义行列。他也目睹了元代崇尚喇嘛教所生的诸多流弊，以致成为腐败亡国的因素之一，因此，他对佛教内幕及其与社会政治的关系深有所知。即位后，对佛教基本采取既利用又整顿，着重在控制的方针。

　　①《元史》卷22，《武宗纪》。
　　①《佛祖统纪》卷54.②《明史》卷3，《太祖纪》。

　　洪武元年（1368），朱元璋在金陵天界寺设善世院，命慧昙（1304—1371）主持，管理全国佛教。其下又置统领、副统领、赞教、纪化等员，以实现对佛教教团全面有效地控制。洪武十五年（1382），分寺院为禅、讲、教三类，要求寺院僧众分别专业。禅，指掸宗；讲，指华严、天台、法相诸宗；教，取代以前的律寺，从事瑜伽显密法事仪式，举办为死者追善供养、为生者祈祷求福等活动。教寺的建立，反映了社会各阶层对佛教法事的强烈兴趣，也是佛教深入民间，正在变成民俗的一种表现。为了便于管理，各类僧侣的服色也有规定，不准混淆。同年，又诏令禁止寺田买卖，在经济上加强对寺院的管制。

　　朱元璋对佛教强化管理的根本目的，在于切断它与民众的组织联系，防止惑众滋事，以至成为造反起义的手段。洪武二十四年（1391），发布“申明佛教榜册”，谓：“今天下之僧，多与俗混淆，尤不如俗者甚多，是等其教而败其行，理当清其事而成其宗。令一出，禅者禅，讲者讲，瑜伽者瑜伽，各承宗派，集众为寺。有妻室愿还俗者听，愿弃离者听。”二十七年又发布新的“榜册”，进一步规定：不许僧人以化缘为由，强素捐助，奔走市村；不许僧人交结官府，也禁止俗人无故进入寺院。他要求僧侣依据条例，“或居山泽，或守常住，或游诸方，不干于居，不妄入市村，官民欲求僧以听经，岂不难哉！如此，则善者慕之，诣所在焚香礼请，岂不高明者也！”换言之，僧侣只能从事与佛教信仰有关的活动，其它俗务，特别是聚敛财富，干预政事，是绝对不允许的。他特别提倡沙门讲习《心经》、《金刚》与《楞伽》三经，力图引导佛教在思想上统太祖废除了喇嘛教在内地的特权，但并没有中止喇嘛教与内地的联系。他继续给喇嘛以优渥的礼遇，并以此作为皇权中央管辖西藏地方的重要渠道。洪武六年（1373），前元帝师哺迦巴藏卜入朝，赐以炽盛佛宝国师称号；次年八恩巴之后公哥监藏巴藏卜入朝，尊为帝师。又置西宁僧纲司，由喇嘛任都纲；在河州设番汉二僧纲司，由藏僧任僧官。

　　朱棣以僧人道衍（1335—1418）为谋主，发动“靖难之变”。经四年战争，夺取帝位，是为明成祖。成祖即位后，论功以道衍为第一，乃复其姚姓。

　　赐名广孝，使常居僧寺，冠带而朝，退仍缁衣。为此，成祖对于佛教有所偏护，永乐十八年（1420）。为《法华经》作序，颂扬佛教功绩；又亲撰《神僧传》，树立僧人形象。他对西藏喇嘛教尤为重视。即位之初（1403），即遣使迎哈立麻至京，给以大宝法王称号。又遣使入藏邀请宗喀巴，宗喀巴派弟子释迦智（1354—1435）来京，成祖给以大慈法王称号，任成祖、宣宗两代国师。永乐年间（1403—1424）受封的藏族喇嘛有五王、二法王、二西天佛子、九大灌顶国师、十八灌顶国师。

　　当然，明成祖对内地的统治依然以儒家思想为指导，他明确宣布，“朕用儒道治天下”，“朕所用治天下者，‘五经’耳”。“世人于佛老竭力崇奉而于奉先之礼简略者，盖溺于祸福之说而昧其本也。”这是不许的。

　　明天朝的佛教政策，由前两代奠基，此后没有多少变化，但由于政治经济的多种因素，也时有摇摆。明初废除僧侣免丁钱，度牒免费发给；但对剃度，则严加限制，曾规定3年发牒一次，男子非40以上，女子非50以上，不准出家。出家者还必须经过考试，各州县寺院和僧尼数目也有限额。实行的结果，私度者依然存在，尤其是刺激了民间宗教社团的发展，以至威胁到明王室的安全。代宗景泰二年（1451）开始卖牒救灾，后世沿袭，直到明末。

　　由此促使僧尼剧增，寺院竞建。据《大明会典》统计，成化十七年（1481）前，京城内外的官立寺院已多至639所，后来还续有增建。成化十二年度僧10万，二十二年又度僧20万，估计全国有僧50万。相对宋、元言，数目也不算太多。

　　从总体上看，明代佛教仍然以禅宗和净土宗为最流行，思想理论上则甚少创新。

　　明初禅宗有楚石梵琦，是元叟行端的弟子，被袾宏誉为“本朝第一流宗师”，也提倡净土修持，所著《净土诗》云：“一寸光阴一寸金，劝君念佛早国心”、“尘尘刹刹虽清净，独有弥陀愿力深”。这也是宋、元禅僧的一般趋向。

　　明中叶后，临济宗下著名禅僧有笑岩德宝，其弟子为幻有正传，正传门下有密云圆悟、天隐圆修、雪峤圆信，3人各传一方。圆悟弟子汉月法藏著《五宗原》，圆悟见后，予以批驳，曾引起一场绵延至清初的争论。曹洞宗也有几个重要禅师，如无明慧经以及其弟子无异元来和永觉元贤等。元来强调教禅一致，禅净合一，鼓励禅僧念佛，发愿往生净土。元贤更主张儒、释、道三教一致。认为教虽有“分”，理只有“一”，“理一而教不得不分，教分而理未尝不一”。他又说：“教既分三，强同之者妄也；理实唯一，强异之者迷也……盖理外无教，故教必归理”。①因此，三教毕竟统一于“一理”，世界一切也都应归于“一理”。在把“理”作为最高本体方面，明代佛教与宋明理学完全一致起来。

　　明代官僚士大夫受佛教影响依然很深，中后期参禅学佛也有所抬头。王阳明（1472—1528）继宋代陆九渊“心即理”的命题，提倡“心外无物”、“知行合一”，发展理学新领域，只有在佛教哲学大气氛的薰陶中才能形成。

　　至于李蛰（1527—1602）对道学的激烈批判，公开打出佛学旗号，采用佛学的思想语言。他用《起信》等讲的“真心”解说他的“童心”，用般若的“真空”否定“伦物”的神圣，他也像南宗禅僧那样自在不羁。李贽开辟了居士佛教同宋明理学对立的一途，至清代而形成一大社会思潮。颇受李贽影响的袁宏道（1568—1610），中年参禅，文学创作上抒发“胜灵”，与晋宋之际谢灵运等以佛经求“灵性”相呼应；后入净土，撰《西方合论》十卷，提倡禅净合一、归宗净土。认为，“禅宗密修，不离净土，初心顿悟，未出童真。

　　入此门者，方为坚固不退之门“。袁氏兄弟三人皆好佛，主张类似。其兄袁宗道（1560—1600）称颂《西方合论》，谓”念佛一门，于居士尤为吃紧，业力虽重，仰借佛力，免于沉沦“。明清居士多修净土念佛，即使一些大文豪也在所难免，其影响直至民国初年。

2.普书和宝卷的流行

　　三教合一与佛教向民间深层的广泛发展，促使许多适应不同信仰层次的著述问世，总称为“善书”和“宝卷”。