各部派对于佛教的基本义理，如四圣谛、八正道、十二缘起、涅槃等，都采取完全信奉的一致态度，但各派也都有自己奉持的经典，因此造成差异。这些差异其实只是某些教义论证上的枝末细节不同。从现存的汉译资料来看，《异部宗轮论》及其异译《部执异论》，或《十八部论》、《异部宗轮论述记》等所述，他们争论的问题深具哲学反省的意义。各部派中保存下来的资料最完整的是说一切有部，如《六足论》、《发智论》、《大毘婆沙论》与《俱舍论》等，这些著作不仅阐述说一切有部的基本主张，更广泛涉及其他部派的观点。根据这些资料，可归纳出各部派争论的基本问题：

    有无、真假的问题 如前所述，部派佛教的学说，大体上分别以大众部和上座部为两大主流而分裂发展。这两大主流在理论上的差别，主要宗旨不外乎“空有之争”，大众部主张“空”，所以近乎大乘，上座部主张“有”，偏重于深奥的理论研究，于法义做精微的分析。如说一切有部主张“三世实有，法体恒有”，认为一切世间法、出世间法都有实体，有一种真实的客观存在，因此对一切诸法广为分别，对一切法做“五位七十五法”的归纳分类，深深影响了后来的法相唯识宗。另外，如犊子部则不仅主张世间法实有，而且进一步认为我法亦有。

    大众部系的一说部主张世间法、出世间法都是假名，全无实体；说出世部认为世间法是假名，而出世间法全是真实；说假部则认为世间法与出世间法各有一部份是假名。以上这些关于有无、真假的问题，是就各部派的相对立场而分判的，不像后来大乘论典中各派的主张那样明确。

    佛陀观的问题 上座部大致延续原始佛教的看法，认为佛陀是由世间修行而解脱成佛的，他的生身与世人一样有苦乐感情。所以，佛陀被视为历史真实存在的教主，是人天导师，是人格圆满的觉悟者。大众部则认为佛陀并无生灭变化，是威力无边，超越时空的伟大圣者。佛陀能够示现种种法身，印证“十方三世”有无量无数的佛。后来的大乘佛教直接继承大众部这种佛陀观，奠定了成佛理论的基础。

    心性及解脱问题 上座部认为心有染有净，染心不能解脱。大众部则主张“心性本净”，人心本来清净，只因后天各种烦恼贪着染污，成为凡夫，所以藉由修行去除染心，必能得到解脱。此说成为大乘佛教“佛性论”的理论基础。

    轮回转世的问题 各部派主张，在三世六道轮回的主体就是心识。他们争论两个问题，一是“补特伽罗”的有无，一是“中有”的有无。“补特伽罗”就是指轮回转生的主体，这个问题在上座部系统各部派间被广泛讨论着。其中，犊子部和正量部认为有一个补特伽罗存在；经量部认为人体内有个叫做“一味蕴”的命根，后来被唯识学派吸收发展为“阿赖耶识”；说一切有部则主张有一个“世俗补特伽罗”或“假我”存在。

    关于“中有”的有无，说一切有部认为在欲界、色界都存在“中有”，它是生死轮回的中间环节。他们并且认为“中有”的形状像个五、六岁的孩童，但微细难见，能透过一切障碍物，少经七日，多经四十九日，就能投胎下一生，并且根据前世的善恶业来决定投生的处所。但大众部系统则否认“中有”的存在，认为并没有今生来世之间的神识。

    部派林立的时期，诸派自守宗风，各有千秋，却共同认定自家所传承的一系才是正统的、纯正的佛教。因此在部派思想发展过程中，百家争鸣，有如百花齐放般的灿烂辉煌。