大乘实教原分显密两部。显部由文殊师利菩萨住持（即般若藏），称为显乘，或显教，义理较浅显故。密部由金刚手菩萨住持（即陀罗尼藏），称为密乘，或密教；义理甚深密故。文殊化迹既详上节。金刚手原系法身菩萨，不受时间拘限；对于学人修密教将入上品悉地（成就之义）者，乃现身其前而为说法，佛灭后约七百年，始由龙猛见诸南天（即南天竺）铁塔中；密乘从此昭著于世。  
　　

　　龙猛即龙树。密乘全出新译，故用此名，龙猛以前，习三乘者亦有杂用密咒；然只作显教之补助法，非纯粹密乘；纯粹密乘由铁塔始现故。龙猛得入铁塔，以持毗卢遮那如来真言为因。此真言传自何人不得而详；以师资秘密传承，非外人所能知也。入塔觐见诸佛菩萨后，即蒙金刚手菩萨授与传法灌顶，绍密宗“阿闍黎”（导师之义）之位；并付两部大法；即《金刚顶经》及《大日经》也。

　　密乘最高法理，以《金刚顶》经表示金刚心境界，由初心至后心，经历十六菩萨位，而五智圆成。清净法身开发尽致；自受用身庄严具足；他受用身及应化等流诸身则随机显现，是谓究竟成佛之果相，显乘极谈，或以为如来果德不可说；或以为佛与佛方能究竟；《金刚顶经》乃究竟说之，此密乘之超绝处也。

　　五智即法界体性智，大圆镜智，平等性智，妙观察智，成所作智也。众生心中原具有之，但浑略不著，恒为识掩。识渐薄则智渐厚，薄至全无，则五智齐彰；尔时不妨借识为用。然须至金刚后心乃能究竟。金刚心者，见性之极，不复被惑，坚强如金刚也。

　　《大日经》原名《大毗卢遮那（遍照之义）成佛神变加持经》。众生本来皆具觉性；惟浑略不著，恒被识掩，故不能开发无量法性功德，毗卢遮那佛即圆满此种功德之法身如来；能以神力加持众生，各从其机之所近，凭三密方法开显一门或普门之法性也。上焉者，感见如来他受用身，中焉者，感见诸大菩萨身；下焉者，感见外金刚部诸天身。

　　真如总体名一法界；本觉总性恒与相函；具摄无量无边法性；绝对无质，互不相碍；亦无处所可得。本觉一味圆照其间，无所分别，原无朕兆可寻。行者入观，心中若有圆明之相者，则净识所标之幻迹；非本觉惺寂妙致。依此圆相分位观之：据点无穷无尽；各能自成中心；各摄一切法性；复以其无穷无尽据点彼此交互贯摄；行者之心乃依其中据点之一随缘出兴者。能作此观，亦不离识。泯识融于本觉，是名佛心；迷识沦于不觉是名众生心”（此段妙理须定中细察乃能相应）。

　　《金刚顶经》及《大日经》教法皆无量无边，对任何法性应各有相当修习故。而南天铁塔所传，俱以十万偈为限；称此土机宜故。依《金刚顶经》而修者曰金刚顶宗，亦曰最上瑜伽宗。依《大日经》而修者曰大日宗。亦曰瑜伽宗。两宗所以有别者，果位因位方法不同也。

　　金刚顶宗行者以能入萨睡三昧为正机；得如来三密加持，充其量为果地即身成佛；五智圆满故。大日宗行者以能入般若三昧为正机；得如来三密加持，充其量为因地即身成佛；镜成二智未圆故。通称即身成佛者，简括之词也。

　　真正密乘行者，以菩提心为体，三密为用；观行成就，则妙相自然流露，即身成佛矣。菩提心者，本觉正性显现，心中惺惺寂寂，于体相用妙理无不洞达，绝不住著者也。三密者：

　　（一）身密，以手印提起相当法性也；

　　（二）口密，以真言滋润相当******也；

　　（三）意密，以观想开发相当缘境也。

　　以三密为符号，引起如来之加持，则菩提心中自觉法流日盛，其浓厚之度，能消除众生染心，法身昭著，是为因位成佛。若更能开显诸佛真心，三身具足；是为果位成佛。

　　菩提心之开显，至少以般若波罗蜜多为基。只与生空真如相应者（既破俱我生执），此心犹常昏昧；能与法空真如相应者（既破俱生法执），此心乃克明净。于此明净菩提心中，以三密发展诸佛功德，收效乃大。未与般若波罗蜜多相应，甚至分别二执未破者，则三密不能顿呈殊胜妙用；须以大精进心行之（或参考显教戒定慧三学）。

　　密乘行者分四级：未破粗执者（分别二执），只依信心而行，是为下级修法（或名作密）；未破细执者（俱生我执），只依理解而行，是为中级修法（或名修密），未破极细执者（俱生法执），依般若性而行，是为上级修法（或名瑜伽密），既破极细执者（俱生二执俱空），能依萨睡性而行，是为最上级修法（或名最上瑜伽密）。

　　会得一乘妙旨者，不论身处何境，无非佛性流行之处。于了了常知之中，受用自在；此属显教之能事。若就佛性流行之际，加以三密方法，则庄严胜境渐次开显；此乃密乘之妙用。既不须拣择处境，则对任何职业之人无不可施以密法。学者苟能如法行持，未有不成功者。

　　印度当时外道甚多，所奉之神种种色色。密乘为兼摄此类根机，亦可方便接引，授以相类之三密，使勤而行之，随其破执程度能致相当成就。近代考据家以为密宗乃由婆罗门教递嬗而来；不知只属大权方便中之一法耳。岂足以概密乘全部耶？

　　密乘最重灌顶；诸佛法流依此灌入行者身心也。诸佛法流交加众生身心未尝或断；但为识执所蔽，昏然不觉，日与众生气流相随逐，前六识被其牵缠，所感无非众生境界。今欲行者把握法流；不受气流压抑；则须以法加强之。法流本极微细；顶门之路无气流相阻，灌入最为适宜；此灌顶之本旨也。执行灌顶职务者名阿?黎。所灌之法流，视行者机缘，取所供“曼荼罗”中之一尊而施之。

　　曼荼罗者，轮坛之义也；具足一切法性。以一性为主余性为辅，组织圆满无所欠缺，名曰轮坛。坛中诸性同现受用身，或作佛形；或作菩萨形；或作诸天形。金刚顶宗所供者为金刚界曼荼罗；大日宗所供者为胎藏界曼荼罗；皆以毗卢遮那为中尊，而境界有异；一属自受用，一属他受用也。其余诸佛菩萨诸天等，亦可各取为中尊，而组织各别；总与圆满无缺之旨不相违。

　　就仪式言之，灌顶大别二类：

　　（１）心想灌顶　阿奢黎入本尊（与行者机缘相应之尊）三摩地（定中妙境），观本尊法流普遍十方，求灌顶者皆被笼罩。即观此法流入行者之顶，而遍输于其身心，行者能定中接受，感应最大。此种作法，全仗心想为之，故名；亦曰秘密灌顶。