南宋恭帝赵是度宗赵禥的第二子，咸淳七年（1271）生于临安（今浙江省杭州市）。赵禥在位十年（1264—1274），任由宰相贾似道（1213—1275年）把持朝政，残杀抗元功臣，腐败盛行，南宋政权陷于风雨飘摇之中。而崛起于漠北的蒙古国（1271年改称元朝），自忽必烈于1260年即大汗位后，继续集中兵力，大举南下，企图灭亡南宋。

　　咸淳三年（1267），忽必烈采纳了南宋降将刘整“攻蜀不若攻襄，无襄则无淮，无淮则江南可唾手下”的建议，任命他为都元帅，与征南都元帅阿术一道进攻襄阳和樊城。襄阳和樊城是南宋抗蒙防线上的军事重镇，上通秦陇，下控荆楚，两城隔汉水相望。蒙古大军围攻襄阳和樊城，两城借浮桥来往，相互支援。南宋政府在这里储备了充足的物资，计划长期固守。两城军民在被围期间，进行了英勇顽强的抵抗，坚守了六年之久。

　　咸淳八年（1272），元军增派兵力，截断外援，逐步缩小包围圈，形势危急！宋军多次向临安小朝廷求援，贾似道等人对度宗皇帝隐瞒实情，不给援助，使元军得以水陆并进，烧毁了两城往来的浮桥，割断了两城间的联系。不久，北岸的樊城先陷落了，供应襄阳的物资中断。守将吕文焕在弹尽粮绝、后援无望的情况下投降了元军。被誉为“铁脊梁”的襄樊失陷后，门户洞开，二十万蒙古铁骑由左丞相伯颜统帅，水陆并进，顺汉水而下进入长江，南宋小朝廷岌岌可危！

　　咸淳十年（1274）7月，度宗赵禥在惶惶不可终日的气氛中一命呜呼。皇太后谢氏急忙召集大臣们商议皇位继承的问题，大部分人主张立杨妃所生的长子赵昰，贾似道则以立嫡为理由，把年仅四岁的赵推上了皇帝宝座，由祖母谢太皇太后临朝称制（代行皇帝职权），贾似道等人继续把持朝政。次年改年号为德祐。

　　其时，忽必烈（1215—1294年）乘南宋王朝政局动荡，又酝酿着一场灭亡临安小朝廷的战争。大臣徒单公屡向他建议：“乘破竹之势，席卷三吴，此其时矣。”参知政事（副丞相）阿里海牙也说：“荆襄自古为用武之地，汉水上流已为我有，顺流长驱，宋必可平。”平章政事（丞相）阿术则云：“臣略地江淮，备见宋兵弱于往昔，今不取之，时不能再。”忽必烈采纳了他们的建议，任命具有丰富军事经验的丞相伯颜为元军统帅，大规模的军事行动开始了。

　　德祐元年（1275），芜湖一战，宋军主力全线溃败，以贾似道为首的贪官污吏争先恐后地逃跑或投降。正直的大臣陈宜中等人弹劾贾似道欺君误国，太皇太后将贾似道褫夺相位，谪为高州（今广东省茂名市）团练使，循州安置。贾氏把持军政大权时，排斥异己，把忠臣“贬竄死徙略尽”，又在国势危急的情况下大兴土木，劳民伤财，肆意享乐，作恶多端，怨声载道！当他失势举家南逃时，立时成了人人喊打的过街老鼠。州县的官吏听说他路过这里，立刻予以驱逐，一些饭馆连饭都不卖给他们吃。这时，他才真正领略到自己丧失民心竟到了这样的程度！这位奸臣一路忍辱受骂，最后来到福建省漳州市，在木绵庵被监送者、县尉郑虎臣所杀，结束了他罪恶的一生。

　　德祐二年（1276）正月初，临安已三面被围。太皇太后派大臣向元军乞和，伯颜不许。正月中旬，元军离临安只有三十里了。兵临城下，南宋小朝廷无力抵抗，太皇太后只得派大臣赵吉甫、贾余庆献上传国玉玺和赵的降表。“侍臣已写归降表，臣妾佥名谢道清”（元·汪元量《水云集·醉歌》，谢道清是谢太皇太后的名字）。二月初，按照伯颜的要求，举行了向元军投降的仪式。由继位仅一年半的赵，率领满朝文武大臣，在祥曦殿上表，宣布退位，“以两浙、福建、江东西、湖南北、二广、四川见在州郡，谨悉奉上圣朝。”然后，元军接管了南宋政府的库存、图书、档案等，解散官府各机构及皇帝的御林军。赵、全太后及宗室、官员、宫女被俘北上，谢太皇太后因病暂留临安，数月后也被遣送至大都（今北京）。

　　元军进入临安，恭帝赵被俘北上以后，以文天祥（1236—1282年，号文山，理宗赵昀宝祐四年，即1256年状元，时任右丞相）、陆秀夫、张世杰为首的南宋政权中的少数抵抗派，先后拥立赵的庶兄赵昰、庶弟赵昺，辗转于东南沿海一带，艰苦地支撑了三年。由于力量对比悬殊，文天祥在1278年于广东潮阳五坡岭兵败被俘。次年正月，陆秀夫和张世杰亦于崖山（今广东省新会市南）战败，陆秀夫背负幼帝赵昺蹈海而死，张世杰败走海外，图谋再举，不幸舟覆牺牲。至此，南宋彻底灭亡。

　　此时，赵年仅八岁，小小年纪就成了亡国之君。可以说，偏安江左，荒淫腐朽的临安小朝廷的土崩瓦解，他没有任何责任。因为，这副摊子从他祖父赵昀（理宗皇帝）到父亲赵禥（度宗皇帝）时就已经破烂不堪，百孔千疮了。

　　1276年5月，暂居上都（今内蒙古自治区多伦市）的赵，被降封为瀛国公，迁居大都。在这里，他度日如年，异乡的寂寞，亡国的伤感，使他失去了童年的欢笑。身处逆境，生死操纵于他人之手，没有任何人身自由。

　　这时在大都，还关押着民族英雄文天祥，他坚贞不屈，始终不为各种威胁利诱所动。元世祖忽必烈爱怜其才，别出心裁，让“小皇帝”对文天祥“劝降”，想利用君臣纲常关系来制服文天祥。当九岁的赵出现在文天祥的面前时，文天祥痛哭流涕，面南而跪，泣不成声地连连说：“圣驾请回”，“圣驾请回”。小小年纪的赵无语凝噎，默默而归。

　　赵在大都过了六年（1276—1282）的禁锢生涯，他的存在，使江南抗元志士们看到了复兴宋朝的希望。正因为如此，忽必烈把赵视为隐患，乃于至元十九年（1282）12月，把十二岁的赵发配到蒙古高原的上都，使他远离江南地区。与此同时，忽必烈有意释放文天祥，让他出家为僧，但遭到汉奸、时任礼部尚书留梦炎（1219—？，也是南宋理宗时代的状元，后降元）的极力反对，乃于是年12月初九日下令将文天祥绑赴大都柴市口处决。

　　至元二十五年（1288），赵十八岁，已经成年，崇信藏传佛教的忽必烈把他送到西藏萨迦寺出家为僧，开始了长期孤寂的寺院生涯。其母全太后后来也在大都被迫出家当了尼姑。

　　藏族著名译师廓诺·讯鲁伯（1392—1481年）所著《青史》（1985年3月西藏人民出版社出版），一向被推崇为研究西藏史的重要典籍，受到国内外学者的普遍重视，该书记载了赵在后藏萨迦寺学经、译经、校勘汉藏佛经的情况。藏族史书《红史》、《新红史》、《贤者喜宴》、《如意宝树史》以及元朝僧人念常的《佛祖历代通载》对此亦有类似的记载。

　　位于奔波山的萨迦寺，是藏传佛教萨迦派（俗称花教）的发祥地和根本道场，也是西藏少有的藏书和写经中心。萨迦派第五代祖师帕思巴（1235—1280年），曾被忽必烈封为帝师，掌管西藏地区政教大权，为西藏地方僧侣贵族统治之始。年青的赵就在这里，伴着黄卷青灯，潜心苦学藏传佛教显密诸法和藏语文。循序渐进，游心法海，焚膏油以继晷，恒兀兀以尽年，卅载苦学，知识大进，填海深功，使这位昔日天子获得了“学富五车”的赞誉，担任了萨迦寺的住持。他校勘了各种佛经的汉文本和藏文本，翻译了深奥的《因明入正理论》、《大乘百法明门论》等佛教经典。由于他的突出成就，藏史学家们将其列入翻译大师的行列，尊称之为“合尊”（意为天神家族的出家人）。