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部派佛教的系统清理，是最令人头痛的问题，但用科学的方法来予以考察，仍可得出一个条理。根据印顺法师的研究，他把部派佛教分成四派、三系、二部、一味，其表如下：
    

树状表

这是部派佛教的基础，由根本佛教，分成上座与大众两部。上座部东系的一支分别取舍上座及大众两部的思想，立足於上座部却颇同情并吸收大众部的一部分进步思想，所以成为分别说系。西系的上座部由於僻处西北印的迦湿弥罗，不与东方接触，所以发展成为独立的有部思想；后来内部思想有了歧见，又再分裂。据大众部所传，后来的红衣（锡兰铜）部、法藏部、饮光部、化地部、均属分别说系。它们不是极端的反大众部者，后来大众部转出为大乘佛教，分别说系的圣典，多少亦有这种倾向，例如法藏部（昙无德部）出现较晚，该部所属的《四分律》，被我国的道宣律师，视为通於大乘，也有其远因存在了。

枝末的分裂

所谓枝末分裂，即是由大众部及上座部的再分裂、又分裂，由此，二部、三系、四部、十八部、二十部，南传的则称为二十四部，便陆续出现。

在北传的资料中，说到部派分张的有：西藏所传《跋贝耶》（Bhavya）的教团分裂详说；汉译的《文殊师利问经》、《舍利弗问经》、《十八部论》、《部执异论》、《异部宗轮论》；南传的有《大史》；大众部有清辨造的《异部宗精释》。据木村泰贤说，关於部派分裂，并有八种不同的传说。

其中以南传的《大史》，汉译有部的秦译《十八部论》（《大正藏》四九·一七页中－一九页下）、陈译《部执异论》（《大正藏》四九·二○页上－二二页下）、唐译《异部宗轮论》（《大正藏》四九·一五页上－一七页中），和大众部的《异部宗精释》为重要。另有正量部所传的亦足参考。

本书因为藏传《文殊师利问经》及《舍利弗问经》的分派，与有部说大同，故从略，有部三论则以《异部宗轮论》（《大正藏》四九·一五页上）为代表。兹列四表如下：

（一）南传分别说系上座部的《大史》第五章所传：

注：大众上座诸派，於佛灭百至二百年间分裂；雪山部以下，则在大众部上座部诸派以后分裂。

（二）北传上座系有部的《异部宗轮论》所传：

（三）大众部系的清辨所造《异部宗精释》所传：

（四）正量部所传：大众部－－本末六部，同分别说系所传，唯以鸡胤称牛家，并以制多山为牛家部所出。

分部的推定

从以上列表看来，可谓洋洋大观，但是各说互有出入，究竟以何为准，论者意见也不一致。因为各派均以自家的立场并欲提高自家的出身而做部派之间的说明，所以吾人不应尽信某一家之言，亦不应尽弃某一家之言，唯有集各家之言以做审查推论，始可得到近乎可信的史实之真貌。至於如何审查推论，就要靠我们的智慧来判别了。

就大致上说，各家所传者，多以自宗列为基础的本部。分别说系的，自以为是上座部的本部，说一切有部的，也以自宗为「根本」部，这是主观的说法。故对上座部分派次第，宜以大众部所传的较可信，因其站在客观立场，不必加入自宗的成见。