慧远出家时十三岁，最初投奔僧思禅师。僧思禅师道法高深一见到慧远，就对他说：“你有出家的面像，要珍惜这个机缘。”僧思一开始就让慧远自己读经，他随时对慧远进行训诲。慧远一不小心，僧思就拿鞭子抽他，所以慧远学法非常刻苦。

　　慧远离开僧思，又从阖梨湛律师、上统、大隐等学法。学完之后，慧远已成为精通佛典，善讲佛理的大德。人们争相与慧远探讨佛理，来拜访都络绎不断。慧远之名远近传播。

　　慧远与周武帝辩论后，躲到汲郡西山，在山中勤奋修道。三年时间，读了《法华》、《维摩》等经书近一千遍。进而又对这些佛德进行修证，常常是睡在山里，饮于谷中。

　　隋朝建立后，文帝大兴佛法。在开皇(公元581年)初年，文帝召集天下的高僧大德到法门寺弘法，慧远也在其中。很有意思的是，当初慧远为护法挺身而出，与天子争辩，几乎丧命。现在，慧远又因弘法而受到皇帝的器重。

　　开皇七年春，慧远住在上党。夏天，文帝下诏请慧远到都城传法，诏书言词恳切。慧远知道推辞不掉，就到了京中。当时，文帝下诏请了六位高僧，慧远是其中之一。众高僧与学士二百多人一起讲论佛法。文帝有时亲到讲席听法。文帝又让众大德住在兴善寺，并举行了盛大的法会。于是，学法的人都赶到京城，听众高僧讲法。

　　慧远在这六名高僧中，名声最盛。他每次登席讲法，都高声叫喊，如雷声滚滚，听者为之动容。

　　慧远生性质朴耿直，严肃认真。至于履行戒律，更是丝毫不留情面。慧远讲经的地方，放的都是惩罚的用具。当弟子们布施不全，或没有沐浴净身，或错解佛法，或仪态失常，慧远并不听其辩解，必定严惩不赦。每当弟子学而不悟时，慧远焦急万分，往往要上前扭住对方的耳朵。

　　慧远为传授佛法，自始致终都在注解经书。慧远注解的经书，有《地持》、《十地》、《华严》、《涅槃》等。

　　慧远在做完地持疏后，梦见自己登上了须弥山。他在山顶上向四处观望，看到一片苍茫的海水，接着又看到佛的形象。佛头朝北躺在宝树下，紫金色的身上布满了灰尘。慧远走上前去，先躬身施礼，然后用自己的衣服拂去佛身上的灰尘。立刻，佛的身体变得光亮干净。醒来后，慧远知道这是自己写的注疏符合佛经的本意，才有此征兆。

　　此后，慧远又写了《涅槃疏》，写完之后却不敢讲，请求佛在梦中给他指示。在梦里他亲手塑造了七佛八菩萨像，在将要上完彩时，一个人从旁边走出来，向慧远要过笔，代慧远完成了工作。醒来后，慧远想：“我将不久于人世了。”

　　慧远立即开讲涅槃之法，以便充分利用这所剩不多的时间。在讲经之前，他让众僧诵般若波罗密呪五十遍，用以报答四恩。

　　不到一年，慧远又梦见净影寺的长竿倒了，挂着的灯灭了。慧远知道自己要走了。

　　几天后，慧远在屋外走路时，感到轻飘飘的。他在外面用香水沐浴，然后回到屋里喝了粥，躺在床上。过了一会儿，慧远问弟子：“什么时辰了?”弟子答道：“正好是卯时。”慧远说：“我感到冷气已到了肚脐，恐怕离死不远了，请你们把床挪开。”

　　然后趺跏端坐，闭住眼睛，不许别人搀扶。慧远坐在那里，姿态端庄严正，象天神一般。等到众闻到屋中香味时，才知道他已经气绝。众僧上前把他的手足并拢，感到他的手足柔软，身体冷了，只有头顶上还略带暖意。

　　慧远在清化时，养过一只鹅。鹅每次都听慧远讲经，一直听了好几年。慧远入关后，鹅在寺中昼夜鸣叫，众僧讨厌它，让人给慧远带去。带鹅的人走到净影寺门口，把鹅放下来，鹅鸣叫着飞到慧远的房中。从此，鹅还象以前一样，驯服地听慧远讲经。鹅一听到法会的钟声，不管是什么时候，都要飞入堂中，伏在地下听讲。僧人散会出去，鹅也叫着飞出去。这样过了六年。忽然有一天，鹅哀叫着不肯入堂。过了二十天，慧远就弃世而去了。

　　文帝得知慧远去世，非常痛惜，对诸大臣说：

　　“国家失去了一宝!”

　　不久，众人为慧远立碑。薛道衡撰文，虞世南书写，丁氏镌刻，这三人当时号称“三绝”。